Sous la tutelle de l'École de théologie, l'Institut supérieur d'études religieuses «all'Apollinare» (ISSRA) a été créé en 1986 en tant que partie intégrante de l'Université.
L'Institut dispose d'une méthodologie didactique spécifique, qui propose les formes traditionnelles d'enseignement (cours, travaux écrits, épreuves orales) sous une forme flexible, adaptée à ceux qui pour des raisons géographiques, professionnelles ou familiales ne peuvent pas fréquenter un Institut nécessitant une présence quotidienne. .
L'Université a un département de langues estimé, qui coordonne l'enseignement des langues classiques et modernes. En outre, le Centre interdisciplinaire de formation sacerdotale de Santa Croce offre une formation pastorale et spirituelle systématique.