La Faculté des sciences a été créée en 1920 en tant que cinquième faculté de l'Université Charles. Il compte actuellement 29 départements, 3 musées et un grand jardin botanique où se trouvent le département d'études et quelques installations pour étudiants.

De nos jours, la faculté est divisée académiquement et organisationnellement en quatre sections: biologique, géographique, géologique et chimique. En plus de ces sections, la faculté a plusieurs centres d'enseignement et de recherche spécialisés, y compris des institutions interdisciplinaires telles que l'Institut d'études environnementales. Toutes les parties de la faculté sont actives dans l'enseignement et la recherche.

La mission principale de la Faculté des sciences est de créer des experts hautement qualifiés en biologie, chimie, géographie, géologie et dans d'autres domaines interdisciplinaires. Son effort scientifique et de recherche vise à résoudre les problèmes clés liés au développement de la société humaine. Certains des sujets prioritaires à long terme sont la santé humaine, l'étude de la fonction et la prédiction du développement des écosystèmes et de la biosphère, et le développement de matériaux respectueux de l'environnement basés sur l'utilisation de ressources renouvelables.

La Faculté des sciences offre trois niveaux d'éducation, baccalauréat, maîtrise et doctorat. Tous les programmes de bachelier et de master comprennent à la fois l'enseignement théorique et des exercices pratiques dans les laboratoires, et certains cours combinent les études universitaires de sciences naturelles avec la formation des enseignants dans un domaine choisi. Les cours de baccalauréat sont des introductions à des études plus approfondies qui suivent dans les programmes de maîtrise. Les programmes d'études de master forment des experts pour les instituts scientifiques et de recherche, les carrières gouvernementales, l'industrie et le secteur privé. Les diplômés des cours de master avec l'élément de formation des enseignants sont qualifiés pour enseigner dans les écoles secondaires et les écoles professionnelles secondaires. Les programmes d'études doctorales forment un personnel hautement spécialisé pour les activités scientifiques et de recherche.